Der nationalsozialistische Terrorapparat bestand im Wesentlichen aus fünf Komplexen: der SS, seinem organisatorischen, personellen und ideologischen Hauptträger, der Polizei, dem Sicherheitsdienst des Reichsführers-SS (SD), dem Lagersystem sowie der Justiz, soweit sie mit politisch begründeten Straftatbeständen befasst war oder politisch agierte und urteilte.

Die Hauptinstrumente der Gestapo waren "Schutzhaft" und "Sonderbehandlung". "Schutzhaft", die überwiegend in den KZ vollzogen wurde, erlaubte die zeitlich unbegrenzte Inhaftierung ohne Gerichtsurteil. "Sonderbehandlung" war der Tarnbegriff für die administrativ verordnete Tötung von Häftlingen. Sie wurde bei Kriegsbeginn eingeführt. Die Polizei war jetzt Verfolger, Richter und Henker in einem.

Besondere Einrichtungen waren die bereits 1933 geschaffenen Sondergerichte und der 1934 gegründete Volksgerichtshof.

Von 1933 bis 1945 verhängten zivile Gerichte 16.650 Todesurteile, davon ca. 95 % während des Krieges. Hinzu kamen ca. 25 000 Todesurteile der Militärjustiz. Die Zahl der Opfer der Polizeijustiz ist unbekannt.

Bei Kriegsbeginn wurden Gestapo, Kriminalpolizei und SD im Reichssicherheitshauptamt zusammengefasst. Dieses wurde zur Zentrale des Vernichtungskriegs. In den besetzten Gebieten wurden die sogenannten Höheren SS- und Polizeiführer eingesetzt. Sie konnten unbürokratisch auf sämtliche Formationen von SS und Polizei zurückgreifen und wurden so zu Generälen des Vernichtungskriegs und Organisatoren der "Endlösung der Judenfrage".