Mit Kriegsbeginn verschlechterten sich die Lebens- und Überlebensbedingungen der Patienten in den Heil- und Pflegeanstalten des Reiches nochmals erheblich. Die Sterbequote stieg infolge kriegsbedingt schlechter Versorgung der Kranken oder Ermordung auf mehr als 25 % in den Jahren 1944 und 1945.

Nach dem Stopp der „Aktion T4“ wurden nicht nur die Kindereuthanasie, sondern auch die Krankenmorde insgesamt fortgesetzt, wenn auch in anderer Form. Bernburg, Pirna-Sonnenstein und Hartheim blieben zur Vergasung von KZ-Häftlingen bis 1944 in Betrieb ("Sonderbehandlung 14f13"). In einzelnen Anstalten gingen die bereits während der „Aktion T 4“ begonnenen dezentralen Krankentötungen mittels Vergiftung durch Medikamente oder Verhungern lassen bis Kriegsende weiter, verstärkt durch die „Aktion Brandt“. Im Rahmen dieser Aktion wurden Zehntausende von Patienten aus sogenannten luftgefährdeten Gebieten im Nordwesten Deutschlands in Anstalten in der Mitte, im Süden und in den östlichen Provinzen des Reiches verlegt, wo sie zu einem hohen Prozentsatz starben bzw. getötet wurden.

Weitere Sonderaktionen betrafen in den letzten Kriegsjahren psychisch kranke sowie tuberkulosekranke Zwangsarbeiter. In den letzten Kriegsjahren weiteten sich die Krankentötungen auf chronisch körperlich kranke, sieche und alte Menschen sowie auf verwirrte Bombenopfer aus.

Insgesamt fielen den unterschiedlichen Aktionsformen der NS-Euthanasie allein im Reichsgebiet (Deutschland, Österreich und angeschlossene Gebiete) weit über 200.000 Menschen zum Opfer.