Mit dem Überfall auf Polen am 1. September 1939 begann nicht nur ein „Krieg nach außen“, sondern auch ein „Krieg nach innen“. Radikaler, schneller und effektiver als es durch Sterilisierung möglich war, sollte jetzt der Volkskörper von „Ballastexistenzen“ befreit werden.

Psychiatrische Gutachter entschieden anhand von Meldebögen über Leben und Tod der erfassten Patienten. Entscheidendes Kriterium war jetzt der ökonomische Restnutzen eines Kranken („Arbeitsfähigkeit“) und weniger sein Erbwert. Daneben spielten auch medizinische Erlösungskriterien  eine Rolle: ob das Krankheitsbild unheilbar war und ob der Patient unruhig war oder störte.

Die Tötung erfolgte in sechs regionalen Tötungsanstalten, in Hartheim bei Linz, Grafeneck bei Münsingen auf der Schwäbischen Alb, Hadamar bei Limburg, Sonnenstein/Pirna bei Dresden, Bernburg a . d. Saale und Brandenburg a. d. Havel. Die Kranken wurden entweder direkt in die Tötungsanstalten gebracht oder zuvor in Zwischenanstalten gesammelt, die den Tötungsanstalten vorgeschaltet waren.